Un énorme incendie ravage le château et le bourg, en 1504, et les comptes de trésorerie font état, en 1508 et 1509, des dépenses faites pour la restauration du château.

Les documents de 1526 parlent de la communauté du bourg de Montagny, ce qui présuppose une administration indépendante des bourgeois. Mais une certaine d’autonomie communale existait déjà dès la fin de XIVe siècle. Face à leur gêne financière, les seigneurs mettaient à profit les aspirations du peuple. Aussi, la classe des talliables disparaissait-elle par vagues successives de rachat de servitudes.

C’est le temps de la Réforme. Fribourg et Berne se jettent sur les terres savoyardes du Pays de Vaud, en 1536. Mais les rapports entre les partisans des deux cultes demeurent relativement paisibles. Berne et Fribourg ayant intérêt à se donner un mutuel appui pour conserver leurs conquêtes.